Mức phạt chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế được quy định theo 5 mức, từ phạt cảnh cáo cho đến 25 triệu đồng khi tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày, có phát sinh số thuế phải nộp.